媽閣站是澳門輕軌三線的轉乘站，分別是：氹仔線、西線（第二期）、澳門半島線（第一期澳門段），而目前則只服務氹仔線，是氹仔線的尾站。
但是明眼的鐵路迷就會困惑了：現在的媽閣站不是只有一對側式月台嗎？怎樣服務三條路線？以前的兩層月台去哪了？這就要從當年規劃諮詢時的設計說起。
原設計：雙層四線三月台
2009年宣佈的原始興建方案時，氹仔線與澳門半島線同屬第一期，是連通的一條路線。不過，氹仔段是向北行到達媽閣，但澳門半島段則是從媽閣站向南行，因此在媽閣必須調頭。
運建辦發佈的模擬影片詳細介紹了媽閣站月台的配置和調頭方法：將兩個方向路軌從左右排列改為上下排列（下圖紅色和黃色分別就是兩個方向的路軌），入站後將在媽閣站北面盡頭的Y型路軌（也稱人字型路軌或袋狀軌）調頭至同層的另一條路軌，例如上層的往澳門方向路軌便是在左方路軌入站，調頭後在右方路軌離開車站。
月台設計方面，每方向都使用了雙側式夾一島式西班牙式月台，也就是進入媽閣站的列車可以在調頭前開兩邊門，調頭後再開一次兩邊門！要知道，西班牙月台本來就是分流下車和上車的乘客，提高客運量之設計，世界其他地方的設計是單方向路線也只會經過一次，也就是媽閣站一層的月台已經可以處理往返方向的滿載列車！媽閣站如此豪華和獨特的「疊式西班牙式月台」設計肯定是絕無僅有，也讓人質疑為什麼需要搞這麼多月台和路軌。
需要預留西線連接口
上圖的右方和下圖可見，兩層都預留了一對藍色的第二期（西線）連接軌，而在通車前也可用作臨時停泊列車之用。與此同時還需設有調頭路軌，因此路軌不可以緊貼地排列，而必須分隔至少一部列車的寬度，使用島式月台成為必然。
如此的設計能滿足甚至同時運行所有直通路線的組合：從海洋站出發往澳門的列車可以梅花間竹地分別經澳門半島線和西線往關閘、西線和澳門半島線可在媽閣站形成順時針及逆時針的環線、西線和澳門半島線也可在媽閣站進入氹仔線往海洋方向行。
如此多的直通路線組合在日本以外不可能出現，就從西線列車會從上下層月台分別開出便知道不可能在澳門發生。西線通車後的直通方式肯定是固定的：例如澳門半島環線+氹仔線、氹仔線直通西線+獨立的澳門半島線等。彈性這麼高的設計背後其實也代表了工程師們對未來的不確定性：不知道最後會採用那種直通，乾脆就讓所有可能性都考慮進去。
需要遷就交通樞紐轉乘
由於交通樞紐在媽閣站東側，要兩層都有無縫轉乘就必須每層有一個側式月台。
後來發現有點誇張，取消了一個月台
如果看明白上面的內容的讀者可能發現，不靠交通樞紐一面的月台其實並非必要啊！沒錯，似乎政府也意識到這件事，在2011年的新聞稿便將該月台刪除，而此示意圖也成為媽閣站通車前的最後公開的設計：參考
不過，上圖的輕軌站部分其實是介紹媽閣交通樞紐時順便畫的，搞不好輕軌站的設計只是隨便畫畫。
當然，上述的超級豪華設計最終並沒有採納，並改為現有的單層雙側式月台。
題外話，就算有以上需求還是可以再輕量化，例如取消調頭專用路軌並在西線預留路軌之間調頭以及若能確定西線走向就可移除一些西線預留路軌。如此一來島式月台也並非必要，可以改成現在媽閣站般的雙側式月台。當然這樣就少了可以用作存放後備列車的地方。
氹仔線將與西線直通運轉
現時的氹仔線媽閣站往北的方向是有繼續往前一段距離的，一方面是讓到達媽閣的列車調頭以及停放後備列車，另一方面也是未來與西線直通的預留位。未來西線只需要連接到媽閣站北面的這段路段（即下圖的媽閣站北面路軌的盡頭）便可以直接與氹仔線連通，不需要在媽閣站搞大工程。
當年的氹仔線與澳門半島線同是第一期工程，是直接連通的，因此就有上文提及的雙層調頭路軌和第二期預留路軌。因澳門半島線的各種爭議，西線的可行性反而比澳門半島線高，所以媽閣站的最終設計也取消了雙層調頭路軌設計，變為普通的單層雙側式月台設計，分別服務西線/氹仔線的兩個方向列車。當然，另一個理解方法則是既然西線和澳門半島線都不是近期的工程，就取易捨難做個普通側式月台就好。
而現在的設計要改為能夠調頭使氹仔線與澳門半島線連通，無論是改造媽閣站還是媽閣站前後的路軌，都會是大工程並一定程度影響氹仔線運作，故可能性極低。
如此一來，澳門半島線在現在的媽閣站設計該如何入站？現在的媽閣站有辦法容納多一條線嗎？
澳門半島線將使用氹仔線月台下的預留月台
媽閣站現有月台下還有一個月台？！無法肯定，但十分可能。
自古以來的設計都是兩層
從前面提到的早期設計方案來看，從2009年媽閣站確定為地底車站至2017年招標後發行的輕Zone雜誌，都能看到媽閣站是有兩層月台，每層的東側月台皆直接連接交通樞紐。既然已經定下來了，理應不會突然臨時改為一層。
預留空間在輕軌有先例
澳門官員雖然經常被批評後知後覺，沒有齊全的計劃，但輕軌系統確是有不少預留空間，因此媽閣也有預留空間並不是什麼破天荒的事情。例如離島醫院站預留月台、港珠澳大橋澳門口岸前的預留車站樁、東線新城中站預留與港珠澳大橋線的轉乘條件等都是很好的例子。其中，預留港珠澳轉乘條件的的消息更是羅立文宣佈擱置港珠澳大橋線後發佈的。
從未放棄澳門半島線
2016年準備招標時運建辦表示媽閣站是「接連『多條』線路」。參考
崔世安在2018年曾表示不會放棄澳門半島線參考（雖然最近六年什麼進展都沒有，更在2023年審計署詢問下表明沒有建設計劃），代表2017年招標興建媽閣站時很有可能仍然有考慮澳門半島線連通的。
月台層的密閉空間
在媽閣站的氹仔線月台層可以見到下圖般的渠蓋，並在附近有明確的「密閉空間」的標識。當天造訪媽閣站主要是為了檢查樓梯電梯有否通向隱藏樓層等更明顯的證據，並忽略了此標識，以為只是機器房或電線槽。
後來經更仔細的思考後，卻意識到香港以至世界各地的地鐵站火車站均不需有地下密閉空間，而且在密閉空間工作在各地的法律都有極嚴格的要求，例如要進行空氣測試、通風、限制工時等，不會是經常需要出入的地方。
而唯一能找到的密閉空間例子便是九龍站的東涌綫月台，有着設計完全相同的「密閉空間」標識，而其下方正是東九龍綫的預留月台！參考以澳門輕軌曾與港鐵合作運營的背景，以及中港澳三地政府沒有規定密閉空間的警告牌樣式的事實來看，媽閣站的密閉空間很有可能就是參考了九龍站的安排，也很有可能是預留月台。
反對例子1：月台設計一改再改，取消了一層也不奇
雖然説一直以來的設計都有兩層月台，但其實月台的設計一直都在變，從2009年最初諮詢時的的兩側夾一島西班牙式月台改為2011年後的一側一島西班牙式月台，再改為實際興建出來的雙側式月台。車站的設計也有不少更改，與當初諮詢時有很大分別。因此，在如此大的改動下還有沒有興建下層月台，其實並不能肯定。
反對例子2：沒有直接的正面證據
在運建辦公開的工程圖片中，最近能夠見到的就只有2019年時只挖了大約一層多的泥土，而後來變因運建辦改組輕軌公司，工程圖片也不再公開，無法確認最後本站挖到多深。
同時，有關媽閣站的新聞也從來沒有提起下層有預留空間的消息。
結論
到頭來，説了那麼多其實也説不出個究竟，仍然是無數的猜測。只能說還是有希望的。
未來月台設計的猜測
現時月台的島式設計應該會套用於下層的澳門半島線月台，加上假設西線於氹仔線直通，可以預見以下的情況：
- 連接巴士站的上層月台，將會服務關閘出發經西線到達媽閣並往氹仔方向列車。
- 另一邊的上層月台（即現時的落客專用月台），服務從氹仔抵達的列車，經西線前往關閘。
- 連接巴士站的下層月台，服務澳門半島線前往關閘的列車。
- 另一邊的下層月台則為為澳門半島線到達媽閣的落客月台。